ക്രൈസ്തവ സ്ഥാപനങ്ങള്‍ക്കൊപ്പം കേന്ദ്ര സര്‍ക്കാര്‍ തള്ളിയ ആറായിരത്തോളം എഫ്.സി.ആര്‍.എ ലൈസൻസിന്റെ കൂട്ടത്തില്‍ ഹിന്ദു സ്ഥാപനങ്ങളും
ആറായിരത്തോളം എഫ്.സി.ആര്‍.എ ലൈസന്‍സ് കേന്ദ്ര സര്‍ക്കാര്‍ തള്ളിക്കളഞ്ഞ കൂട്ടത്തില്‍ പ്രശസ്ത ഹിന്ദു സ്ഥാപനങ്ങളും ഉണ്ട്. രാമകൃഷ്ണ മിഷന്‍, തിരുമല തിരുപ്പതി ദേവസ്ഥാനം, ഷിര്‍ദിയിലെ ശ്രീസായിബാബ സന്‍സ്ഥാന്‍ ട്രസ്റ്റ് എന്നിവയുടെ വിദേശ സഹായം സ്വീകരിക്കുന്ന എഫ്.സി. ആര്‍.എ. ലൈസന്‍സ്സുകളും തള്ളിക്കളഞ്ഞിട്ടുണ്ട്.
തിരുപ്പതി ദേവസ്ഥാനത്തിന്റെ എഫ്.സി.ആര്‍.എ. അക്കൗണ്ടില്‍ 13.5 കോടി ഉണ്ടെന്ന് കഴിഞ്ഞ വര്‍ഷം നല്‍കിയ കണക്കില്‍ പറഞ്ഞിരുന്നു. മഹാരാഷ്ട്രയില്‍ രജിസ്റ്റര്‍ ചെയ്ത രാമകൃഷ്ണ മിഷന്റെ അക്കൗണ്ടില്‍ 1.3 കോടി രൂപയും ഉണ്ടായിരുന്നു. 5 കോടിയാണ്‌ സായിബാബ ട്രസ്റ്റിന്റെ അക്കൗണ്ടില്‍ ഉണ്ടായിരുന്നത്‌. തള്ളിയവയില്‍ ഏറെയും ക്രൈസ്തവ സ്ഥാപനങ്ങളുടെ ലൈസന്‍സുകളാണ്. വിദേശപണം സ്വീകരിക്കുന്നതിനും ചെലവാക്കുന്നതിനും വ്യക്തമായ നിയമമുണ്ട്. അത് പാലിക്കാന്‍ തയ്യാറാകാത്തവരുടെ ലൈസന്‍സുകളാണ് റദ്ദാക്കിയത്. 5789 സ്ഥാപനങ്ങളും സംഘടനകളും ലൈസന്‍സ് പുതുക്കാന്‍ അപേക്ഷ നല്‍കിയില്ല. 179 സന്നദ്ധ സംഘടനകളുടെ അപേക്ഷ കേന്ദ്ര സര്‍ക്കാര്‍ തള്ളുകയും ചെയ്തു. മദര്‍ തെരേസ സ്ഥാപിച്ച മിഷണറീസ് ഓഫ് ചാരിറ്റിയുടെ ലൈസസ് പുതുക്കി നല്‍കാത്തത് ചട്ടങ്ങള്‍ പാലിക്കാത്തതുകൊണ്ടാണെന്ന് കേന്ദ്രം വിശദീകരിക്കുകയുണ്ടായി.ഇക്കാര്യത്തില്‍ കത്തോലിക്കാ സഭയുടെ ഭാഗത്ത് നിന്ന് കാര്യമായ പ്രതിഷേധം പോലും ഉണ്ടായില്ല. പുനലൂര്‍ ബെഥേല്‍ ബൈബിള്‍ കോളജിന്റെ എഫ്.സി.ആര്‍.എ. ലൈസന്‍സും നഷ്ടമായിട്ടുണ്ട്. 1927-ല്‍ സ്ഥാപിച്ച ഈ ബൈബിള്‍ കോളജ് അസംബ്‌ളീസ് ഓഫ് ഗോഡിന്റെ അഭിമാന സ്ഥാപനമാണ്.